Na Universidade do Minho existem atualmente dois cursos de doutoramento na área da matemática: o Programa de Doutoramento em Matemática Aplicada MAP-PDMA (PD Interinstitucional) e o curso de Doutoramento em Matemática.

O Programa de Doutoramento em Matemática Aplicada MAP-PDMA é um programa de doutoramento FCT organizado conjuntamente pelas Universidades do Minho (Departamento de Matemática e Aplicações), Aveiro  (Departamento de Matemática) e Porto  (Faculdades de Ciências, Economia, Engenharia e Ciências Biomédicas), contando também com a colaboração da Universidade da Beira Interior.
O programa inclui um ano curricular no qual é oferecida  uma lista de unidades curriculares (UC) com o objetivo de dar formação que permita aos alunos realizar trabalho de investigação em Matemática. As UC podem ser escolhidas para preencher eventuais lacunas dos currículos académicos anteriores, para direcionar os alunos para uma área de pesquisa ou para uma linha específica de investigação. O MAP-PDMA é apoiado pelas unidades de investigação CMAT (Universidade do Minho), CIDMA (Universidade de Aveiro), CINTESIS, CMUP, ISR-P e LIAAD (Universidade do Porto), que asseguram a qualidade da investigação que irá ser realizado pelos alunos durante os anos de preparação da sua tese de doutoramento. Este envolvimento com os centros de investigação também permite grande flexibilidade da oferta curricular e das propostas de investigação, incorporando campos muito diversos da Matemática Pura, da Matemática Aplicada e também de interface com outras ciências.

O curso de Doutoramento em Matemática pretende formar recursos humanos altamente  qualificados na área da Matemática e nas áreas onde a Matemática tem um papel muito importante para o exercício de atividades de investigação, teórica ou experimental, ou de aplicação em áreas da indústria e dos serviços. Pretende-se com este curso doutoral que as competências científicas adquiridas constituam uma base sólida para a persecução de diferentes perfis profissionais em diferentes domínios (e.g., indústria, serviços, saúde, engenharia, ensino). O curso de doutoramento tem a duração de três anos letivos, tendo em vista a elaboração de uma tese original e especialmente elaborada para este fim. Não tendo componente curricular, o plano individual de trabalhos poderá incluir a obrigatoriedade de frequência de atividades formativas, como unidades extracurriculares, seminários, conferências, entre outras, para reforçar o conhecimento do doutorando na área da sua investigação.