Como uma Unidade de Investigação FCT, o CMAT tem sido acompanhado por várias Comissões de Aconselhamento, constituídas por especialistas da área da Matemática reconhecidos internacionalmente. A Comissão de Aconselhamento da Unidade, constituída no início de 2018, tem a seguinte composição:

• Chérif Amrouche, Laboratoire de Mathématiques et de leurs Applications, Université de Pau et des Pays de l'Adour - França;
• Anna Fino, Dipartimento di Matematica "Giuseppe Peano", Università degli Studi di Torino - Itália;
• Wenceslao González Manteiga, Departamento de Estatística e Investigación Operativa, Universidade de Santiago de Compostela - Espanha;
• Steve Kirkland, Department of Mathematics, University of Manitoba - Canadá.